Mathematical    Biology/  Mathematical    Biophysics 

 

Reprints/preprints    (Peer-refereed    journal  papers): 

 

(166)  Langhua    Hu,  Zhan  Chen,  Duan  Chen   and  Guo-Wei    Wei,    Nonlinear    Poisson-Kohn-Sham    equation    for    inhomogeneous  media.    (2012).

 

(162)  Zhan  Chen,    Shan    Zhao,  Nathan    Baker,  Peter    Bates  and  Guo-Wei    Wei,  Variational    multiscale    approach    for    nonpolar    solvation    analysis  (2011).   

 (160) Anita T.  Layton  and  Guo-Wei Wei,   Editorials:  Interface  methods  for  biological  and  biomedical  problems,  28, 289–290, (2012)

(159)  Duan  Chen  and  Guo-Wei    Wei,    Quantum    dynamics    in    continuum    models    for    proton    transport  ---    Generalized  correlation, Journal of Chemical Physics  In press (2012)

 

(158)  Qiong  Zheng,    Zhan  Chen,  Kelin Xia    and  Guo-Wei    Wei,    Variational    multiscale    models  for  charge  transport, SIAM review. In press (2012)

 

(156)  Duan  Chen  and  Guo-Wei  Wei,    Quantum    dynamics    in    continuum    models  for  proton    transport  I:  Basic  formulation,    Communication  in  Computational  Physics,    in  press  (2012) 

 

(155)  Duan  Chen,    Zhan    Chen    and  Guo-Wei    Wei,    Quantum    dynamics    in    continuum    models    for    proton    transport    II:    Variational    solvent-solute      interface,    International  Journal  for  Numerical    Methods  in  Biomedical  Engineering,   28, 25-51 (2012)

 

(154)  Qiong  Zheng,    Siyang    Yang  and  Guo-Wei    Wei,    Molecular    surface    generation    using    PDE  transform.    International  Journal  for  Numerical    Methods  in    Biomedical    Engineering,    28, 291-316,      (2011)

 

(150)  Zhan    Chen    and  G.  W.    Wei,    Differential    geometry    based    salvation    model    III:    Quantum    formulation,    Journal  of    Chemical    Physics, 135, 194108 (2011).

 

(149)  Qiong  Zheng    and  Guo-Wei    Wei,    Poisson-Boltzmann-Nernst-Planck      model.    Journal  of    Chemical    Physics,  134  (19),  194101,    (2011)    (It    was    the  most  downloaded  in  JCP  in  May    2011)

 

(146)  Qiong  Zheng,    Duan    Chen  and  Guo-Wei    Wei,    Second-order    Poisson-Nernst-Planck    solver    for    ion    transport.  Journal  of    Computational    Physics,  230,  5239-5262  (2011)

 

  (145)  Zhan    Chen,    Nathan    Baker    and  G.  W.    Wei,    Differential    geometry    based    salvation    model    II:    Lagrangian    formulation  (62  pages),    Journal    of    Mathematical    Biology,      63,  1139–1200,    (2011).

 

(144)  Weihua  Geng    and  G.W.  Wei,    Multiscale      molecular    dynamics    via    the    matched    interface    and    boundary    (MIB)    method,      Journal  of    Computational    Physics,    230,  435-457      (2011). 

     

(143)  Duan  Chen,    Zhan    Chen,  Changjun    Chen,  Weihua    Geng  and  Guo-Wei    Wei,    MIBPB:  A  software  package  for    electrostatic    analysis,    Journal  of    Computational    Chemistry,    32,  756–770    (2011). 

 

(141)  Zhan    Chen,    Nathan    Baker    and  G.  W.    Wei,    Differential    geometry    based  solvation  model      I:    Eulerian    formulation,  Journal  of    Computational    Physics,  229,    8231-8258  (2010).

 

(140)  Duan  Chen  and  Guo-Wei    Wei,        Modeling    and    simulation    of    nano-electronic  devices    (44  pages),      Journal  of    Computational    Physics,    229,  4431-4460,    (2010).

 

(139)  Changjun  Chen,    Rishu  Saxena,  and  Guo-Wei  Wei,    Differential    geometry    based    multiscale    model    for    virus  capsid    dynamics,    Int.      J.    Biomed    Imaging,    Volume  2010,  Article  ID  308627,  9  pages  (2010).

 

(138)  Guo-Wei,  Wei,        Differential    geometry    based    multiscale      models,    Bulletin  of    Mathematical    Biology,  volume  72,  1562-1622,    (2010).

 

(136)  G.W.  Wei  and  G.  Wang,    Editoral:  Special  issue  on  recent  advances  in  computational  techniques  for  biomedical  imaging,    Commun.  Numer.  Methods  Engng,  25,  581-582  (2009)

 

(135)  P.  Bates,  Z.  Chen,  Y.H.  Sun,  G.W.  Wei  and  S.  Zhao,  Geometric  and  potential  driving    formation  and  evolution    of    biomolecular  surfaces,  J.  Math.  Biol.  59,  193-231  (2009) 

 

(133)  Duan  Chen,  G.W.  Wei,  X.  Cong  and  Ge  Wang,    Computational  methods  for  optical  molecular  imaging,  Commun.  Numer.  Methods  Engng,    25,  1137-1161(2008).

 

(130)  W.H.  Geng,  S.N.  Yu  and  G.W.  Wei,  Treatment  of  charge  singularities  in  implicit  solvent  models,    J.    Chem.  Phys.,  127,  114106  (20  pages)    (2007).  Also  available  at  the  Virtual  Journal  of  Biological  Physics  Research    October  1,  2007

 

(129)  P.  Bates,  G.W.  Wei  and  S.  Zhao,  Minimal    molecular    surfaces  and  their  applications,    J.    Comput.  Chem.,  .,  29,  380-391  (2008).   

 

(128)  S.  N.  Yu,  W.  H.  Geng  and  G.W.  Wei,  Treatment  of  geometric  singularities  in  implicit  solvent  models,  J.    Chem.  Phys.,    126,    244108  (13  pages)    (2007).  ).  Also  available  at    the    Virtual  Journal  of  Biological  Physics  Research    July  1,  2007

 

(127)  Y.C.  Zhou,  M.    Feig  and  G.W.  Wei,  Highly  accurate  biomolecular  electrostatics  in  continuum  dielectric  environments,    J.  Comput.  Chem.  29,  87-97  (2008). 

 

(124)  G.W.  Wei,  Editoral:  Recent  advances  in  mathematical  methods  for  the  analysis  of  biomedical  image,  International  Journal  of    Biomedical    Imaging,  vol.  2006,  70578,  1,  (2006).

 

(121)    Ge  Wang,  Haiou  Shen  Wenxiang  Cong,  Shan  Zhao  and  G.W.  Wei,  Temperature    modulated    bioluminescence    tomography,  Optics  Express,    14  (17)    7852-7871  (2006).